ファイル（フォルダ）にはパーミッションが設定されています。
パーミッションには R(Readable), W(Writable), X(Executable) の3種があり、
所有者, グループ, 他人の3者に対してそれぞれ、可能, 不可能が設定されています。
FTPソフトなどで
rwxr-xr-x
のように表示されるものがパーミッションを示しています。
左から、所有者, グループ, 他人を示しています。
ある1者に対するパーミッションは、
rwx
の3つですが、r, w, x の文字があれば可能、- (ハイフン)があれば不可能を意味します。
ある1者に対するパーミッションは数値で扱われており、r, w, x がそれぞれ 4, 2, 1 という数字に対応しています。
--- = 0
--x = 1
-w- = 2
-wx = 3
r-- = 4
r-x = 5
rw- = 6
rwx = 7
に対応しています。
3者全ての実行権限(x)が不可能であることは、そのファイルへのアクセスが不可能であることを意味します。
WinSCPでは、デフォルトで【ディレクトリ（フォルダ）がアクセス不可の場合、表示されない】設定になっています。
この設定は、【オプション > 環境設定 > 環境 > パネル】の【リモートディレクトリ】の項目で変更できます。
添付した設定画面のキャプチャを参考にしてください。
TeraTermやPuttyなどのターミナルソフト（コマンドプロンプトのようなCUI）では、アクセス不可のファイルに対しても操作ができます。
[ls -l]コマンド（[ll]コマンド）を実行すると、ファイル（ディレクトリ）一覧の詳細を表示することができます。
ターミナルソフトでは、[chmod]コマンドでパーミッションを変更することができます。
アクセス不可のファイル（ディレクトリ）に対して、
chmod 777 ファイル（ディレクトリ）名
を実行すると、そのファイル（ディレクトリ）のパーミッションを rwxrwxrwx に変更できます。